总面积达9.78万公顷的可鲁克湖—托素湖自然保护区，不仅是候鸟迁徙的重要驿站，也是维系区域生态平衡的关键屏障。面对保护区湿地退化的问题，孔繁燕带领科研团队分析数据、总结规律、研判趋势，采用“湿地+”模式，探索湿地保护修复解决方案，科学开展湿地健康评价、盐碱地植物培育等基础理论研究，为湿地保护提供技术遵循和科技支撑。

　　孔繁燕还提出并建立了“社区共管”机制——让周边牧业村的村民变身“生态协管员”，通过轮牧补偿、湿地生态效益补偿等方式，实现了保护与发展的双赢。“生态账要算长远，牧民们的帐篷就是最好的移动监测站。”孔繁燕说。

　　在科普教育方面，孔繁燕同样倾注了大量心血。她利用“世界野生动植物日”“国际生物多样性日”等，组织开展形式多样的宣传活动。她主导设计的生态研学课程，更是将水质检测等专业工作转化为趣味实验，激发了孩子们对生态保护的兴趣和热情。截至目前，研学课已累计培养100多名“小小生态讲解员”。